Opłata sądowa od wniosku o ogłoszenie upadłości spółki z ograniczoną odpowiedzialnością wynosi 1000 zł. Oprócz ww. opłaty, spółka musi dodatkowo uiścić zaliczkę na koszty postępowania upadłościowego. Zaliczka ta równa się przeciętnemu miesięcznemu wynagrodzeniu w sektorze przedsiębiorstw bez wypłat nagród z zysku w trzecim kwartale poprzedniego roku. Obecnie zaliczka ta wynosi 7462,25 zł.

Nieuiszczenie zaliczki jest traktowane jako brak formalny wniosku o ogłoszenie upadłości. W takim przypadku sąd wezwie wnioskodawcę do jego uzupełnienia i wpłaty w terminie tygodnia brakującej zaliczki.  Brak uiszczenia zaliczki w terminie wyznaczonym przez sąd spowoduje zwrot wniosku o ogłoszenie upadłości spółki.  Zwrócony przez sąd wniosek nie wywołuje skutków prawnych związanych z jego wniesieniem. Zatem ostateczny brak uiszczenia zaliczki na koszty postępowania spowoduje, że członkowie zarządu nie zostaną zwolnieni z odpowiedzialności za długi spółki.

Członkowie zarządu zgłaszający wniosek o ogłoszenie upadłości spółki z o.o. mogą jednocześnie złożyć wniosek o zwolnienie od obowiązku ponoszenia kosztów sądowych. Wniosek ten może dotyczyć zarówno zwolnienia z opłaty sądowej, jak i zaliczki. Sąd uwzględni taki wniosek o zwolnienie od kosztów sądowych, jeżeli spółka wykaże, że nie posiada ona dostatecznych środków na ich uiszczenie.